紐約市最東端的皇后區的歷史可以追溯到殖民地時代之後。 在地理上它是長島的一部分，並且是美洲原住民Lenape人的家。
英國和荷蘭殖民者來到1635年定居的皇后區，1640年代在Maspeth和Vlissingen（現在的法拉盛）定居。 它是新荷蘭殖民地的一部分。
1657年，法拉盛的殖民者簽署了所謂的“法拉盛抗議活動”，這是美國憲法關於宗教自由條款的前身。
該文件抗議荷蘭殖民政府對貴格會的迫害。
皇后郡 - 因為它在英國統治下被稱為 - 是紐約的原始殖民地，於1683年創建。當時的縣包括現在的拿騷縣。
在革命戰爭期間，皇后區一直處於英國占領之下。 長島戰役大多發生在布魯克林附近，皇后在戰鬥中扮演了一個小角色。
在19世紀，該地區仍然是農業。 1870年長島市成立，從紐敦鎮（現在的艾姆赫斯特）分離出來。
女王加入紐約市
作為紐約市的一部分，皇后區自1898年1月1日成立。同時，領土的東部 - 北亨普斯特德鎮，牡蠣灣鎮和大多數亨普斯特德鎮依然存在作為皇后郡的一部分，但不是新的自治市鎮。 一年後的1899年，他們分裂成為拿騷縣。
接下來的幾年是由新的交通路線定義的，並改變了困倦的自治市鎮。 Queensborough大橋於1909年開放，1910年在East River下建成一條鐵路隧道.IRT法拉盛地鐵線路於1915年將皇后區與曼哈頓連接起來。這加上汽車的崛起促成了皇后區人口在不到10年的時間裡翻了一番1920年的500,000到1930年的超過100萬。
皇后在1939年紐約世界博覽會的場地以及1964-65年在紐約世界博覽會的場地都有聚光燈，都在法拉盛草地 - 科羅納公園 。
拉瓜迪亞機場於1939年開業，1948年在肯尼迪 機場開業。當時它被稱為Idlewild機場。
1971年，皇后成為流行文化中已知的數量作為Archie Bunker的家鄉自治區在All in the Family中的地位。具有里程碑意義的sit-com電視節目是為了更好或更差地定義自治市鎮。 最近一年來自皇后的演員已經上升到了名流的位置，特別是在Run DMC，Russell Simmons和50 Cent等嘻哈世界。
20世紀70年代至2000年代是皇后區歷史上出現的另一個故事，因為偉大的美國移民體驗向世界開放。 1965年的“移民和國籍法”從全世界開始合法移民。 皇后區已成為移民的目的地，一半以上的人口出生在海外，有超過一百種語言。
在2000年代，皇后被悲劇所打動。 9/11襲擊襲擊了整個行政區的居民和急救人員。 2001年11月美國航空公司第587航班墜毀在Rockaways，造成265人死亡。
2012年10月超級風暴桑迪摧毀了皇后區南部的低窪地區。 在暴風雨之後，一場大規模的火災席捲了微風點附近，摧毀了一百多所房屋。